يتكون من وزراء خارجية الدول الأعضاء ويعقد اجتماعاته مرة كل ثلاثة أشهر

يتكون المجلس الوزاري من وزراء خارجية الدول الأعضاء أو من ينوب عنهم من الوزراء وتكون رئاسته للدوله التي تولت رئاسة الدورة العادية الأخيرة للمجلس الأعلى وعند الاقتضاء للدولة التالية في رئاسة المجلس الاعلى.

يعقد المجلس الوزاري اجتماعاته مرة كل ثلاثة أشهر ويجوز له عقد دورات استثنائية بناء على دعوة أى من الأعضاء وتأييد عضو آخر.

يقرر المجلس الوزاري مكان اجتماع دورته التالية.

يعتبر انعقاد المجلس صحيحاً اذا حضر ثلثا الدول الأعضاء.

اختصاصات المجلس الوزاري:

اقتراح السياسات ووضع التوصيات والدراسات والمشاريع التي تهدف الى تطوير التعاون والتنسيق بين الدول الاعضــاء في مختلف المجالات واتخاذ ما يلزم بشـــأنها من قــرارات أو توصيات.

العمل على تشجيع وتطوير وتنسييق الأنشطة القائمة بين الدول الأعضاء في مختلف المجالات وتحال القرارات المتخذة في هذا الشأن الى المجلس الوزاري الذي يرفعها بتوصية الى المجلس الاعلى لاتخاذ القرار المناسب بشأنها.

تقديم التوصيات للوزراء المختصين لرسم السياسات الكفيلة بوضع قرارات مجلس التعاون موضع التنفيذ.

تشجيع أوجه التعاون والتنسيق بين الأنشطة المختلفة للقطاع الخاص وتطوير التعاون القائم بين غرف تجارة وصناعة الدول الأعضاء وتشجيع انتقال الأيدي العاملة من مواطني الدول الأعضاء فيما بينها.

احالة أى من أوجه التعاون المختلفة الى لجنة أو اكثر فنية أو متخصصة للدراسة وتقديم الأقتراحات المناسبة بشأنه.

النظر في الاقتراحات المتعلقة بتعديل هذا النظام ورفع التوصيات المناسبة بشأنها الى المجلس الأعلى.

اقرار نظامه الداخلي وكذلك النظام الداخلي للأمانة العامة.

بترشيح من الأمين العام يعين المجلس الوزاري الأمناء المساعدين لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد.

اعتماد التقارير الدورية وكذلك الأنظمة واللوائح الداخلية المتعلقة بالشئون الادارية والمالية المقترحة من الأمين العام وكذلك التوصية للمجلس الأعلى بالتصديق على ميزانية الأمانة العامة.

التهيئة لاجتماعات المجلس الأعلى واعداد جدول أعماله.

النظر فيما يحال اليه من المجلس الأعلى.